台北市长

1997年底的县市长选举之中，陈水扁以台北市长的身份领军组成“宝岛希望助选团”全台助选，造成国民党拱手让出逾半数的县市执政权，展现“以地方包围中央”的执政雄心，国民党在此情势之下渴望出现一位可以对抗陈水扁的从政党员。1998年，经多人劝进与其父马鹤凌的劝说，马参加台北市市长选举国民党内初选，当时马被党内认为是唯一有希望击败陈水扁的强棒。马在国民党初选中胜出，成为该届台北市市长国民党籍候选人。此次选举是马英九首次接受民意考验，在投入选战之前，马英九从来没有参选的实战经验，反观马英九的对手，则是寻求连任的陈水扁市长，在担任市长前，陈水扁还历经台北市议员、立委、县长选战洗礼，已是选举沙场老将。虽然1996年陈水扁在一场婚礼致词时表示1994年最怕就是马英九会出来选，但陈水扁挟有出色政绩、具有战斗力的幕僚团队，马英九虽有国民党在中央执政的庞大资源，两人的声势始终维持在伯仲之间。除了陈水扁外，马英九还面对新党籍的前立法委员王建煊可能瓜分蓝营选票的挑战，在前一次市长选举之中，尽管台北市选民结构蓝大于绿，陈水扁获胜的原因多少与新党赵少康、国民党黄大洲同室操戈有关。在这次选举中，民进党的叶菊兰以“新卖台集团的棋子”批评马英九，而陈水扁也以“台湾土狗对上香港贵宾狗”比喻他与马英九的竞争，但在选前数日，时任总统与国民党党主席的李登辉在造势晚会中问马未来要走什么路，马英九答称“走李总统民主改革的路”，随后李登辉牵起马英九的手高喊“新台湾人！”，此举被认为让马英九拉住了本省族群选票。最后，在王建煊展现“成功不必在我”的陪选态度下，弃保效应发生，马英九以51.13%的得票率击败陈水扁（得票率45.91%）、王建煊（得票率2.97%）等对手而获得胜选。

虽然马英九在当选市长之后不久，即宣布将争取连任，但在2002年台北市市长选举前，有传闻指马英九可能不参选以备角逐2004年的总统选举。最后马英九仍然参与该年的台北市市长选举以寻求连任。他并于参选同时，宣布要以“不一样的方式”来打这场选战，因此选举方式着重于发表政见，举行各种与市民的讨论会等，其竞选对手民主进步党所推派的候选人李应元也着重于政见发表。由于出生地的关系，当时的总统陈水扁，在为同党籍候选人李应元站台的演说中，以“香港脚走香港路”、是在选“台北特首”严厉批评马英九。最后结果马英九以64.11%的得票率击败民进党籍候选人李应元（得票率35.89%）获得连任。

当选国民党党主席

交中国国民党主席换届选举26日结束，马英九以28万5354票当选新任党主席，得票率为92.51%。

由于只有马英九一人参选，因此选举过程并没有太大悬念，但这一结果势必对台湾局势和两岸关系产生影响。

马英九竞选总部之后将举行记者会，由马英九说明对改革国民党的理念和想法，随即转往国民党中央党部致意。

这是马英九第二次参选国民党主席。他曾于2005年台北市长任内首次当选国民党主席，2007年2月13日，因特别费的使用被起诉(后经法院宣判无罪)，他曾承诺若遭起诉即辞去国民党主席职务，乃于同日请辞党主席，正式宣布参选2008年“大选”，并于次年顺利当选。

今年6月10日，马英九宣布参加新一届党主席选举。

根据国民党选举作业规定，党主席由党员直接选举产生，9月12日正式就任。

交通建设

在马英九担任市长任期内，属于大众运输的台北捷运6条路线，包括新店线、小南门线、小碧潭支线、南港线、板桥线、土城线完工通车，8年来每日载客量成长为6.3倍，并在Nova及CoMET会员系统中可靠性达到第一（2004年、2005年）。不过2001年纳莉台风来袭时，由于马市府防洪评估错误，造成抽水站失效，台北市区汪洋一片，大水并涌入捷运隧道，并让台北捷运蓝线停驶、捷运台北车站停用长达3个月，对台北交通造成影响。事后，监察院通过纠正案纠正台北市政府，认为台北市政府在纳莉风灾期间，捷运设施事前未加强防洪整备及紧急应变演练，以及工务局、台北市政府捷运工程局与台北大众捷运股份有限公司横向联系不足，导致捷运系统淹水受创且扩大灾情，确有违失。

马英九在台北市长任内增加公共汽车专用道设置，鼓励民众搭乘公共运输。但其中罗斯福路及忠孝东西路公共汽车专用道设置，原本是希望能提高市民利用大众运输系统，不过由于路线规划与周围交通评估失当，罗斯福路公共汽车专用道在启用后对道路交通产生负面影响，造成民怨不断，而罗斯福路沿线里长都连署反对，罗斯福路已被讥为全国最易肇事的路段。忠孝西路公共汽车专用道至今仍未启用，而忠孝东路公共汽车专用道的实施已停止。

道路方面，马英九任内完成连结福高三甲与市区的信义快速道路，以及复兴北路车行地下道，为台湾在营运中机场跑道地下进行施工的首例。此外还有环东大道的通车，南京东路正气桥的改建，以及在万华车站铁路地下化后，开通艋舺大道与华翠大桥，并整建基隆河百龄桥、承德桥、民权大桥、麦帅一桥、麦帅二桥与中山新桥等6座桥梁，进行照明美化与景观改善工程。并且完成120公里脚踏车道，95年度串联台北县市河滨脚踏车道。

台北猫空缆车初期故障频传2007年猫空空中缆车完工通车，兼具观光以及大众运输功能，成为台湾的热门新景点。不过猫空缆车上线初期曾经出现过数次运转中断的状况，由台北市研考会在营运一个多月后发布的调查显示，市民对于猫空缆车满意者仅14%，不满意者达32％。台湾环境资讯协会批评猫空缆车的设置，凸显出马英九的政策缺乏全面的考量。一些市议员直指是“台北最大违建”，并与立委并提出渎职控告，甚至当时亦有媒体评论这将冲击马英九的总统选情。

北市府于1999年规划，采“政府带头，民间建置和经营”的BOT模式，由政府提供公共场所、业者出资建置经营的方式，打造“无线宽带网络城市”。 这项建设也让台北市政府获得2006年美国“智慧社区论坛”(Intelligent Community Forum, ICF)的智慧城市首奖，击败美国克里夫兰、英国曼彻斯特、中国天津等入围城市。无线宽带的硬件建设为台北赢得全球最大无线网络城市的殊荣，使用率却屡受外界批评。然而，面临使用人数偏低、讯号不稳定、加值服务内容不够吸引人等批评，以及面临3G、HSDPA技术的威胁，负责营运的安源资讯还是深具信心。

产业及经济

在经济投资方面，马英九政府整合了东区商业资源，如台北101、台北世贸等，举办各式展览招商。进行全市无线网络系统Wifly的架设，虽然Wifly让台北市晋升为世界最大的无线网络都市，但因收费问题令使用人数不如预期，截至2006年7月的使用人数只有4万人，不到全市人口3％。任内全力推动之台北内湖科技园区2006年全年营收达新台币22,933亿元（总公司设于内科之所有公司营收总和，非单纯内科所创造营收，故此说法过于夸大。），南港软件工业园区营收亦达1,448亿元。

体育
在体育方面，在原台北市立棒球场位置兴建了台北小巨蛋。市政府也推动一行政区一市民运动中心的政策，整建暨有的体育场馆，设立五座运动中心委外经营，以平价的价钱的提供运动空间。 ? 2001年台北市举办亚洲杯女子足球赛，台北市议员段宜康等人指控台北市员警取缔并没收民众自行携入的中华民国国旗，却放任中国五星红旗十二面在场内挥舞而未受到警方干扰[39]。台北市政府的回应是台北市政府只是协办单位，实际的执行都是配和主办单位中华民国足球协会。而中华足协同意台北市政府的说法，承认是自己要求警察配合，并强调这是“奥会模式”（奥会模式规范观众不能带非参赛奥委会成员会旗，中华民国以"中华台北"名义加入国际奥委会，会旗为白底梅花纹章），以柔性劝导民众收起国旗并无不妥，并称因为段宜康的批评，暂时不愿再申办国际比赛。2009年台北听障奥运标志2003年，由听障者体育运动协会与台北市政府合组的申办团，代表台湾，以52票比32票，击败希腊雅典取得2009年夏季听障奥林匹克运动会，预计有来自超过一百个国家和地区的上万名运动员参赛。台北市政府是在马英九担任市长任内成立体育处。

文化与都市更新

在文化方面，文化局在马英九任内建立，龙应台担任首任文化局长，范畴包括古迹建筑、历史建筑、老树保护、文化人才、公共艺术、街头艺人，任内并通过台北艺术中心开发计划。市政府除了举办大型艺文活动，也加速华山艺文特区、建国啤酒厂、宝藏巖聚落等的重整与再生。猫空空中缆车与北投空中缆车的计划，将提升地区观光效益。此外在南港与万华两地设有新移民会馆分馆，提供休闲聚会场所给外籍新移民。

2003年台北市议会通过由文化局推动的台北市树木保护自治条例之立法，让台北市的老树、大树、有意义的树，都获得法律的保障。在古迹的保存上，台北市府将国民政府时期要员故居——士林官邸、七海官邸、孙运璇故宅、李国鼎故宅、严家淦故宅、钱穆故宅列为市定古迹，以及南海学园科学馆、牯岭街南菜园日式宿舍、万华三水街新富市场、万华助顺将军庙等。

但有些古迹拆除引发争议，如太古巢遗址 ，临济寺神道、兰州街派出所、中山桥等，引起北台湾文化守护联盟与大龙峒文史工作室连署“反对以北大同文化园区都市更新计划为名，消灭文物、窜改历史古迹原貌”。不过，拆除中山桥是为降低当地淹水风险，拆除后，目前在寻找适当地方重组，台北市文化局也针对其他争议古迹说明：一、太古巢位于圆山遗址保存范围，并未遭到破坏；二、临济寺于1984年捷运工程时，将大雄宝殿拆解重组，台北市政府并补助寺方修复山门与大雄宝殿，并未破坏；三、兰州街派出所是1945年以后的建筑。

改建后的建成圆环，更名为“台北圆环”，2009年6月营运。马英九的市政府团队对于老旧市场更新，也常常因为事先规划不当，造成改建后使用效果不彰。其中建成圆环花2亿改建失败、滨江果菜市场花30亿改建，屋顶排烟窗漏水、西门市场花1亿5千万改建失败熄灯、民福市场花10亿改建，各楼层天花板偷工减料高度严重缩水、大桥市场花1亿2千万改建失败熄灯、士林夜市花1亿6千万迁至临时摊位，业绩滑落50％，因而广受各界批评。